10月6日，武汉三镇官方宣布里卡多-苏亚雷斯下课，邓卓翔重掌球队教鞭，这也是他第三次出任三镇主帅。
球员时期，邓卓翔于2020年8月5日以自由身从北京北体大转会至当时处于中乙联赛的武汉三镇。效力期间，他随队于2020赛季获得中乙冠军，个人打进2球；2021赛季获得中甲冠军，出场14次、4次首发，打进1球、助攻2次；2022赛季获得中超冠军，出场13至16次、助攻2次。2023年4月，邓卓翔离开球队并退役。
2024年1月，邓卓翔回归武汉三镇教练组，担任助理教练。2025赛季中超前5轮，球队在马丁斯执教下取得1平4负，排名垫底。2025年4月11日，邓卓翔以代理主教练身份接手一线队。2025赛季，他共执教中超联赛25场，战绩为6胜6平13负，积24分，胜率24%，场均约0.96分；加上球队前5轮取得的1分，武汉三镇全赛季共积25分，排名联赛第13位，提前一轮完成保级。
2026年1月，邓卓翔转任武汉三镇俱乐部体育总监。同年5月8日莫拉下课后，邓卓翔再次以代理主教练身份接手，执教3场中超联赛，均战平：客场1-1青岛西海岸、主场2-2辽宁铁人、客场2-2上海申花。苏亚雷斯下课后，邓卓翔第三次接手武汉三镇，带队完成剩余4轮中超联赛。
9月18日补赛客场1-4负于浙江队后，三镇积21分、排名第15，落后保级区4分，仅剩4轮。